绿色印刷政策存在的问题基于调查结果，绿色印刷政策的问题可归纳为两个方面：一是绿色印刷政策本身存在问题，二是政策的落实过程中存在问题。
苏州印刷公司一位负责人透露：
一是绿色印刷政策本身存在问题
（1）政策扶持的力度小
政策对已认证企业优惠力度不足，政策覆盖面不够广，很多认证企业享受不到政策支持；没有对中小企业转“绿”的特殊政策，中小企业很难提高自身实力；已经出台的扶持政策大多为政策补贴，是需要企业先自行垫付转“绿”费用，才可能享受到补贴。此种方式从时间上讲并没有减轻企业资金压力。设备升级、厂房改造、原材料更换等绿色基本投入资金巨大，超过了企业所能承受的极限。这大大挫伤了企业绿色化的积极性，限制了企业的绿色化发展。
（2）部分政策指标要求过高
为了方便管理，达到绿色指标要求，个别地方环保部门急功近利，制定过高的绿色印刷标准指标，忽视了印刷企业实际情况和现有的技术水平，致使企业现有的工艺水平无法达到要求，企业撤离、倒闭等现象时常发生，一定程度上阻碍了印刷业的发展。
（3）缺少对印刷供应链的认证监管 体现大部分被调查企业都从原辅材料、印刷设备、废物回收处理方面着手实施绿色印刷。但调查中企业反映，一方面由于国家缺乏对印刷供应链的相关认证，导致印刷原料、设备的供应是否绿色安全鉴定难度高，供应商所提供的产品质量参差不齐，很多供应商达不到认证标准。另一方面，即使有时候检测企业提供的检测报告尚无疑点，但在实际使用中总有不合格问题产生，这直接影响印刷企业在推进转绿过程中产品不过关，造成“污染责任转移”。
二是政策的落实过程中存在问题
（1）认证过程费用过高
咨询公司的认证辅导培训费用、企业认证费用、复审费用等不但需要企业自己承担，还要花费人工和转“绿”成本，再加上政策本身扶持力度小、覆盖面窄、吸引力不足，企业转“绿”经济压力增大，使得一部分企业也不得不放弃绿色印刷的认证。另一部分企业即便进行了认证，到期也不再进行复审，企业转绿不能持续推进；绿色印刷实施的广度和深度都受到了制约。
（2）部分环保执法人员缺乏专业知识
环保部门内部的员工整体素质良莠不齐，有部分员工在绿色印刷政策上的理解十分有限，尤其对绿色印刷材料、工艺、技术、设备、甚至印企的管理等方面缺乏专业知识，不能正确判断企业能否实行或享受相关政策，这就导致执法过程中不能结合企业实际情况做出正确判断。如调查过程中，一些企业反映，原本自身印刷生产过程是没有 VOCs 排放的，然而上级到访检查后却依然命令企业安装回收设备，企业迫于压力不得不安装“没用”的设备，这是一种资源的浪费，政府公信力受到质疑，破坏了印刷企业的健康有序发展。
